Mische in einer großen Schüssel das Mehl mit dem Salz und forme eine Mulde in der Mitte. Schlage die Eier hinein und füge nach und nach das Wasser hinzu, während du rührst, um einen glatten, dickflüssigen Teig zu erhalten. Lasse den Teig für etwa 10 Minuten ruhen.

Setze einen großen Topf mit gesalzenem Wasser auf den Herd und bringe es zum Kochen. Nutze einen Spätzlepresse oder -brett, um kleine Portionen des Teigs in das kochende Wasser zu geben. Koche die Spätzle, bis sie an die Oberfläche steigen, was etwa 2–3 Minuten dauert.

Entferne die Spätzle mit einer Schaumkelle aus dem Wasser und lasse sie kurz abtropfen. Platziere sie auf einem großen Teller oder in einer Schüssel.

In einer Pfanne erhitze die Butter bei mittlerer Hitze. Schneide die Zwiebeln in dünne Ringe und brate sie in der heißen Butter, bis sie goldbraun und knusprig sind, etwa 8–10 Minuten.

Gebe die gekochten Spätzle in die Pfanne zu den Röstzwiebeln und füge den geriebenen Käse hinzu. Mische alles gut, bis der Käse geschmolzen ist. Würze die Mischung mit frisch gemahlenem Pfeffer und mehr Salz nach Geschmack.

Verteile die Käse Spätzle auf Tellern und garniere sie mit den knusprigen Röstzwiebeln. Serviere das Gericht sofort.